北京大学泌尿外科研究所分基础和临床两部分。其中临床部分拥有教授、主任医师12人，副教授、副主任医师19人，其中郭应禄、那彦群、潘柏年、薛兆英、孙昌悌等是享有盛誉的泌尿外科权威专家。泌尿外科设3个病房共105张病床，另有碎石、超声、膀胱镜、尿动力学、男科等诊疗室。每月门诊量4000余人次，收治病人近200人次，手术150余例。

        北大医院泌尿外科最为突出的临床特色是不断开拓进取，应用和推广新技术、新疗法，开创了中国泌尿外科领域中的绝大多数“第一次”，例如肾移植、体外冲击波碎石、腹腔镜、经尿道手术、经皮肾镜等腔内技术的应用和推广等等。至今，泌尿外科的临床水平始终居于国内领先水平。泌尿外科的第二个临床特色是规范化的诊疗流程和操作。与国际先进水平保持同步的理论、观念和规范给患者带来最佳的诊疗效果。泌尿外科的第三个临床特色是全方位、大规模地应用微创技术。目前，泌尿外科70%的住院手术病人都通过微创技术得到治疗。例如，99%的前列腺增生接受经尿道手术、95%以上的泌尿系统结石通过腔镜和体外冲击波碎石治疗，对于绝大部分肾上腺肿瘤、肾肿瘤、肾盂及输尿管肿瘤，腹腔镜手术已取代了传统的开放手术。泌尿外科第四个特色是临床与基础科研的紧密结合，互动发展。

       泌尿外科肿瘤、结石、前列腺和尿动力学、移植、男科五个临床专业还有各自的特点。

       泌尿肿瘤专业组拥有全国首个专业病房。所有肾上腺、肾、输尿管、膀胱、尿道、前列腺、睾丸等泌尿男生殖系统肿瘤在这里都可以得到正规化、微创化的治疗。已开展的腹腔镜手术包括肾囊肿去顶、精索静脉曲张高位结扎、肾上腺切除、肾切除、肾癌根治、肾输尿管全长切除、肾部分切除、活体供肾肾切除、肾盂输尿管成型、腹膜后淋巴结清扫、前列腺癌根治、膀胱全切、膀胱憩室切除等，其中前6种手术已成为常规术式。复杂性泌尿生殖系统肿瘤的治疗包括巨大肾上腺肿瘤、巨大肾肿瘤、晚期肾癌腔静脉瘤栓的取出、孤立肾较大肾癌的保留肾脏手术、早期前列腺癌的根治术及放射粒子置入治疗、晚期前列腺癌的各种内分泌治疗、膀胱癌膀胱全切术后各类尿流改道手术如回肠膀胱、Indiana膀胱及原位新膀胱等。膀胱癌的灌注化疗、前列腺癌的内分泌治疗、肾癌的免疫治疗、睾丸肿瘤的放化疗等也是肿瘤专业的特长。

 
　　泌尿外科研究所是微创泌尿外科的发源地，早在70年代已经开展了多项微创手术，到80年代体外冲击波碎石、经皮肾镜取石术和输尿管镜取石术率先在我所推广应用，90年代各项新技术层出不穷，软膀胱镜和输尿管镜治疗结石，腹腔镜输尿管切开取石，在输尿管镜和肾镜治疗过程中，使用气压弹道碎石、超声碎石、激光碎石已经广泛的应用。由于近40年的基础和临床研究的积累，在结石病的治疗方面有很多特点：⑴开展时间早：上述手术在国内开展时间最早，多数在国内主要杂志上首次报告。⑵手术例数多：医护人员素质高、治疗手段齐全，就诊病人多，手术例数在全国处于领先地位。⑶技术全面：涉及微创泌尿外科各个领域，每个领域都有技术精湛的专家。⑷理论研究与临床相结合：新技术不仅应用于临床，同时进行基础理论研究。⑸努力开发新技术：临床工作中不断完善各项治疗方法，开发新技术。例如自行研制体外冲击波碎石机，腹腔镜输尿管结石取石术用切开刀等。⑹加强国内外微创泌尿外科的学术交流：国内外知名学者经常来泌尿外科研究所进行学术交流。前列腺和尿动力学专业组已积累数千例经尿道手术治疗良性前列腺增生的经验，保持了很高的临床疗效。女性压力性尿失禁的微创手术治疗、膀胱功能障碍的电刺激治疗是新的、有效的项目。肾移植专业组走“精品肾移植”之路，不求数量多，但求质量好，通过严格、规范的管理，成功率保持在99%以上。

       男科专业在国内同行中享有声誉，擅长男性性功能障碍、男性不育、男性更年期、前列腺炎、男性性传播疾病的诊治。