药学部是卫生部和广东省抗菌药物监测网成员单位;2006年获我国医院药事管理领域的最高荣誉“中国医院药事管理优秀奖;2003年和2007年分别获得广东省和广州市药品不良反应监测先进单位;2006年成为广东省3家“卫生部临床药师培训试点基地”之一;2007年获得“卫生部临床药师制试点单位” ;2009年获得卫生部抗菌药物临床应用监测“用药评价优秀奖”(全国13所)。

药学部现有药学技术人员65人(含ADR研究室人员)，其中教授、主任药师4人，副教授、副主任药师4人，讲师、主管药师28人。担负着全院的药品管理与供应、制剂的生产及临床药学和科研、教学等工作。设有门诊中西药房各2个、住院药房、制剂室、实验室、药库、临床药学室等班组;广东药学院的临床药学教研室和药品不良反应研究室设置在药学部。

作为目前广东省为数不多的规范制剂室，已经成为医院的一个品牌，成为各类医药院校学生(包括香港、日本的学生)实习、见习、参观及教学的基地，从2005年开始，药学部连续举办了“抗菌药物临床合理应用”系列培训班，至今已经举办5期，接受培训学员达1000多人，深受好评。药学部设有灭菌制剂室及普通制剂室，生产的制剂品种有口服液、合剂、酊水剂、膏霜剂、混悬剂、散剂等80多个品种，制剂产品深受欢迎，补充了市场供应的不足，目前有广东省90多家医疗机构获得广东省食品药品监督管理局批准到我院调剂制剂。

科室科研：科室的主要研究方向为药事管理、临床药师工作模式的探索、药品不良反应流行病学及机理方面、药代动力学、生物利用度、生物等效性及药物经济学等方面的研究。先后获得广东省科技进步三等奖1项、广铁集团公司科技进步奖2项、医院新技术二等奖和三等奖各1项;省、部级立项课题各1项、卫生厅和广铁集团公司立项课题9项;广东省医院药学研究基金立项 1项，发表论文140多篇，主编、参编教材、著作7部。