儿科为原全军儿科医学专科中心和计划生育优生优育研究所，也是广东省第一个新生儿医学中心，现为博士学位授权点和博士后流动站。展开床位200张，规模列省内教学医院和综合性医院首位，全面开展了儿科学各专业疾病诊治工作，配置有现代化的新生儿重症监护病房(NICU)、儿科重症监护病房(PICU)、血液专业层流病房、神经发育康复治疗园地，设备、规模均居国内领先水平，危重新生儿救治、早产儿监护、PICU、小儿造血干细胞移植和小儿发育与神经康复居国内先进水平，在造血干细胞移植治疗重型地中海贫血方面居国内领先、国际先进水平。危重儿转运网络(TN)为国内最早建立、最完善、辐射最广的陆空立体危重患儿转运网络。发育生物学实验室面积300余m2，设施设备齐全，为国内儿科规模最大的专科实验室。“九五”以来承担国家“863”计划专题、国家“1035”计划专题、国家自然科学基金、国家计划生育科研基金、广东省自然科学基金、广东省科技联合攻关重点课题、广东省医药科技重点课题和广州市科技项目等科研课题16项。