南方医院呼吸科正式创建于1978年，在学校和医院的大力支持下，经过全科医护人员二十多年的不懈努力，呼吸科在医教研各方面都取得了优异的成绩，科室初具规模。作为医院的重点科室，呼吸科目前是中国医师协会呼吸分会、广东省医学会呼吸病学会、危重病学会、结核病学会成员，主要由普通病房、呼吸重症监护病房、呼吸机管理治疗中心、呼吸内镜中心、肺功能检查室、睡眠呼吸暂停实验室、分子生物实验室、呼吸系统疾病病原实验室共8部分组成。现有普通床位45张，重症监护病房床位6张。

　　呼吸科科主任、学科带头人蔡绍曦教授是博士生导师、广东省"名医工程" 首批专家之一，现任广东省医学会呼吸病学会副主任委员、中国医师协会呼吸医师分会常委兼总干事、广东省呼吸科医师协会副主任委员。全科现有高级职称7人，其中博士生导师2名，硕士生导师1人，全科有博士后1人，博士4人。多人在《第一军医大学学报》、《实用医学杂志》、《中国急救医学杂志》、《中国实用内科学杂志》、《中国实用医药杂志》、《中华临床杂志》等国家级期刊杂志担任编委。呼吸科作为呼吸病学硕士学位授权点，内科学博士授权点，承担了国家级、省级继续教育项目各1项，先后培养研究生、人才班、进修学员100余名。2000年以来，全科发表论文200余篇，拥有国家实用新型专利6项，主持国家自然科学基金5项，广东省科研基金10项，军队科研基金4项，广州市基金1项，企业课题1项，目前在研基金共达200多万元。科室还参与其他兄弟单位的各级课题20余项。全科先后获广东省科技进步二等奖1项、三等奖1项，全军医疗成果奖二等奖1项、三等奖4项，全军科技进步三等奖3项，南方医院医疗成果一、二、三等奖共8项。我科参与的《广东省传染性非典型肺炎(SARS)防治研究》获广东省科学技术奖特等奖。全科出版著作10多部，教学多媒体3部，其中2部多媒体分别获全国优秀教育音像制品三等奖和军队优秀卫生音像制品奖三等奖。作为总后勤部"先进基层党组织"，2003年呼吸科在抗击非典的斗争中表现突出，被授予广州市"抗击非典模范集体"，解放军四总部"非典防治工作先进单位，第一军医大学"防治非典标兵集体"并记三等功。
　　呼吸科作为国家临床药理基地，肺功能、纤支镜、呼吸机培训中心，拥有：耶格肺功能仪、6200肺体积描记仪、OLYMPUS内科胸腔镜和电子支气管镜、PENTEX电子支气管镜；瑞士伽利略、拉斐尔、德国西门子900c，美国PB-840、BiPAP等呼吸机14台，多台进口多功能监护设备，设备总价值超过千万元。经过二十余年的努力，呼吸科医疗科研水平一直位于国内先进水平，被选入作为世界卫生组织"Inhaled Steroid Treatment As Regular Therapy In Early Asthma（哮喘早期吸入激素的规范治疗）"多中心研究的分中心、国家"十五"攻关课题《肺栓塞规范化诊治的研究》多中心研究的分中心，参与了多项新药临床试验。近年来呼吸科不但对常见病、多发病如哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺部感染、肺部良恶性肿瘤、各种急慢性呼吸衰竭的诊治摸索出一套成熟的诊疗规范，而且成功救治了肺栓塞、特发性间质性肺炎、肺泡蛋白沉积症、深部真菌感染、肺曲霉菌病、巨细胞病毒肺炎、卡氏肺孢子虫肺炎、组织胞浆菌肺炎及变应性肺泡炎等呼吸系统疑难疾病，尤其对对器官移植后的肺部感染有比较丰富的临床经验。呼吸科已成为集医疗、科研、教学为一体的并具有合理人才梯队的医疗研究中心，具备了在呼吸领域里参与国际竞争的实力。

拥有：耶格肺功能仪、6200肺体积描记仪、OLYMPUS内科胸腔镜和电子支气管镜、PENTEX电子支气管镜；瑞士伽利略、拉斐尔、德国西门子900c，美国PB-840、BiPAP等呼吸机14台，多台进口多功能监护设备，设备总价值超过千万元。

2000年以来，全科发表论文200余篇，拥有国家实用新型专利6项，主持国家自然科学基金5项，广东省科研基金10项，军队科研基金4项，广州市基金1项，企业课题1项，目前在研基金共达200多万元。科室还参与其他兄弟单位的各级课题20余项。全科先后获广东省科技进步二等奖1项、三等奖1项，全军医疗成果奖二等奖1项、三等奖4项，全军科技进步三等奖3项，南方医院医疗成果一、二、三等奖共8项。我科参与的《广东省传染性非典型肺炎(SARS)防治研究》获广东省科学技术奖特等奖。全科出版著作10多部，教学多媒体3部，其中2部多媒体分别获全国优秀教育音像制品三等奖和军队优秀卫生音像制品奖三等奖。作为总后勤部"先进基层党组织"，2003年呼吸科在抗击非典的斗争中表现突出，被授予广州市"抗击非典模范集体"，解放军四总部"非典防治工作先进单位，第一军医大学"防治非典标兵集体"并记三等功。