中心实验室成立于2001年，是集科研、教学、技术咨询为一体的临床医技科室，主要职能是为全院致力于医学科学研究的人员以及硕士、博士研究生和博士后人员提供一个科学实验、技术咨询的服务平台，同时结合临床开展科研攻关研究。中心实验室占地面积约为600m2，科研设备达1000多万元。下设：分子生物学研究室、男性生殖医学实验室、细胞生物室、组织形态学研究室与动物室。其中男性生殖医学实验室2006年入选深圳市男性生殖与遗传重点实验室，成为深圳市卫生系统首家市政府冠名的市级重点实验室，获资助300万元。实验室现有研究人员35名，其中临床研究人员8名，实验研究人员27名;教授或主任医师10名，其中博士生导师2名;副教授、副研究员或副主任医师6名;具有国外留学经历的专业技术人员11名;在站博士后、在读博士研究生和硕士研究生16名;实验室由5个研究小组组成，分别为生精细胞体外培养、干细胞研究、男性生殖遗传、精子发生的基因表达与调节和阴茎海绵体组织工程研究小组。研究方向包括脐血干细胞定向分化机制、精子发生的分子生物学与遗传学机理、干细胞向生精细胞的定向分化与调控等。目前承担各级科研项目34项，其中国家“973”前期专项1项，国家“985”子课题1项，国家自然科学基金4项，国家人事部或教育部留学人员启动基金4项，广东省自然科学基金4项。发表学术论文128篇，其中SCI杂志收录的论文22篇，获各级科研成果7项。其中"保留感觉和勃起功能的阴茎再造术"获得2004年广东省科技进步二等奖和深圳市科技进步一等奖，“精子发生相关基因的筛选和功能研究”荣获2006年深圳市首届科技创新奖。

近五年来，本实验室在精子发生的基因表达与调节、生精细胞体外培养和男性外生殖器整形与再造等方面取得了显著成绩;承担各级科研项目34项，总经费达到800万元;共发表的学术论文有128篇，其中SCI杂志收录的论文22篇，SCI影响因子2分以上的论文11篇;主编或参编学术专著9部;获各级科研成果7项，其中"保留感觉和勃起功能的阴茎再造术"获得广东省科技进步二等奖和深圳市科技进步一等奖，“精子发生相关基因的筛选和功能研究”获得深圳市首届科技创新奖。