解放军总医院理疗科是全军最大的理疗与康复医学中心之一，拥有大量先进而完备的物理治疗设施。现有工作人员22名，其中高级专业技术人员5人。科室在1979年被批准为硕士学位授予单位，现有硕士生导师3人。
除常规理疗项目外，特色治疗项目主要有：
1、神经系统病变与运动功能损伤的康复
脑血管疾病、周围神经病变、骨折等造成的运动功能障碍的康复治疗。如周围神经损伤的诊断、康复治疗及预后恢复的评估，中风后偏瘫，面神经麻痹，格林巴利综合症等的康复治疗及预后功能的评估。
2、高热治癌
利用射频或微波作用于肿瘤的体表投影区，使肿瘤组织的温度明显高于周围正常组织，肿瘤细胞变性、坏死。与放疗、化疗结合可明显提高治疗效果，达到减轻症状，提高患者生存质量和生存率的目的。
3、敷磁法治疗毛细血管瘤
利用局部磁片贴敷的方法治疗体表的单纯性、草莓状、海绵状及混合型毛细血管瘤。方法简单，疗效好，治疗费用低，无痛苦，不留疤痕。
4、利用微波组织间技术治疗肛肠疾病
在局部麻醉下，利用微波治疗各种痔等肛肠类疾患，方法先进，痛苦小，效果好。
5、红外热扫描成像检查
该项目是一种全新的无创无损的功能影像检查技术，适用于全身多器官系统的肿瘤预警、筛选、疗效评估；炎症、血管神经病变的定性诊断评估；软组织病变的诊断评估。尤其适用于体检的筛查及定向工作。
6、射频消融医学美容
祛除皮肤雀斑、老年斑、皮肤脂溢性角化、黄褐斑、咖啡斑、腋嗅、皮肤血管瘤、毛细血管扩张症、瘢痕增生、汗管瘤、鸡眼、皮肤及黏膜赘生物等。特点：损伤轻、分层祛除病变组织、瘢痕形成几率低、使用一次性器械、无交叉感染，对周围环境无污染。

       拥有国际领先水平的射频高热治疗仪，作用于肿瘤组织，使之变性、坏死；微波治疗仪：采用组织间微波技术治疗肛肠疾患；高电位治疗仪：利用脉冲高压电场作用于人体，调节机体的神经－内分泌系统。

        科室共获国家科技进步三等奖2项，军队科技进步三等奖6项，军队医疗成果三等奖3项。