建院时设眼耳鼻喉科，1958年单独设科，设病床6张，1969年增至13张，并设门诊验光室、小手术室。1979年医院建大五官科病区，设病床19张。1991年经安徽省科委批准，以眼科为依托成立了“安徽省白内障人工晶体研究中心”。1997年眼科搬迁至五官治疗中心大楼，床位增至31张。1999年床位增至36张。除此，门诊设有验光室、小手术室、屈光眼肌室、萤光造影室、视野室。眼科仪器设备主要有：裂隙灯显微镜、进口隐斜计、光投射视野计、日产TRC－50VT萤光造影仪、角膜内皮镜、日本产角膜曲率仪、日本产手术显微镜和录像系统、美国产超声乳化仪及玻璃体切割仪。

眼科科研课题和成果主要有：“PC－A8610C型人工晶体研制与临床应用”研究成果1990年获安徽省科技进步二等奖；“人工晶体植入技术推广应用研究”成果，1994年获省卫生厅科技进步二等奖、1995年获安徽省科技进步三等奖；“人工晶体植入后细胞组织反映实验研究及治疗探讨”的研究成果，1995年获安徽省卫生厅科技进步二等奖。正在开展的科研课题有“钩端螺旋体所致的各种眼病的研究”等。眼科近些年来在国家级、省级刊物上发表论文40余篇，出版专著1部、译著2部。