胸心外科成立于1978年，当时称胸外科，设病床10张。再之前为胸外科专业组。1980年设病床20张。1982年科内设立X线透视室，1984年建立复苏室，1992年胸外科改称胸心外科，1996年病床增至42张，其中监护床4张。2001年病床增加到44张，其中监护室病床9张。

胸心外科已经完成或正在进行的科研课题主要有：“肺切除患者下呼吸道细菌L型培养及其临床研究”、“浅低温体外循环心脏不停跳心内直视手术的心肌保护的研究”、“冠状动脉路移植术(CABG)治疗冠心病的临床研究”、“自体心包、奇静脉移植肺动脉重建技术在肺癌治疗中的临床应用研究”、“外科切除非小细胞肺癌肿瘤微血管密度与围术期循环肿瘤细胞监测的研究”。与阜外医院协作承担国家“十五”科技攻关计划课题：“提高重症婴幼儿先心病手术疗效的研究”、“浅低温体外循环微创心脏不停跳心内直视手术的基础与临床研究”的成果已通过省科技厅初审，拟颁2002年安徽省科技进步二等奖。近五年来胸外科共发表学术论文40余篇，国家级期刊10余篇，参编书籍5部。

与阜外医院协作承担国家“十五”科技攻关计划课题：“提高重症婴幼儿先心病手术疗效的研究”、“浅低温体外循环微创心脏不停跳心内直视手术的基础与临床研究”的成果已通过省科技厅初审，拟颁2002年安徽省科技进步二等奖。近五年来胸外科共发表学术论文40余篇，国家级期刊10余篇，参编书籍5部。