药剂科是集医疗、科研、教学、保障、管理为一体的学科单位，是医院重要的药学技术职能部门，是保证病人安全用药的重要环节。现有主任药师1名（崔佳）、副主任药师8名（刘振华、陈充抒、刘晓军、李彦、鲁燕侠、孙慧萍、刘鹰、仲华），形成了较强的技术优势。
药剂科现设有门诊药房、住院药房、中药房、首保药房、药库、制剂室、药检室、临床药学室等专业科室，负责门诊、住院患者以及武警总部会议保健、应急卫勤分队、国际救援队等的药品保障供应工作,担负着全院药品的监督管理、采购供应、处方调配、制剂的生产和质量控制等常规工作，承担着科研带教、新技术与新制剂的开发及研制、临床合理用药、药学资料情报的收集、药物不良反应监测等工作，定期出版《药事简讯》。
药剂科严格遵循《药品管理法》及相关法律、法规、规范，建立健全药品质量管理制度，牢固树立以人为本的服务理念，建立以患者为中心的服务模式，为患者及医务人员提供全方位的药学服务，保证患者用药安全、有效、经济；多次被评为武警总医院“先进党支部”、“基层建设先进单位”。