自医院创建伊始就有眼科设置至今已有一百多年的悠久历史在科室众多前辈一代又一代的辛勤耕耘下逐渐发展壮大成为省级眼科医疗教学科研中心眼科主任翁景宁主任医师是福建省医学会眼科分会副主任委员北京大学医学部博士研究生毕业全科共有高级职称7人博士生2人硕士生3人在职读研究生3人另有2人任福建省医学会眼科分会常委委员1人任福建省中西医结合学会眼科分会副主任委员,1人任福建省中西医结合学会眼科分会秘书

　　每年均多次选派医生到国内外进行技术交流加之百年来传帮带积累的临床经验建立了一支基础扎实技术过硬不断探索前进的队伍先进的检查治疗仪器为眼科新技术的开展奠定基础科室已经开展绝大多数的眼科新技术在我省内率先开展的新技术有：准分子激光治疗近视白内障超声乳化手术折叠式人工晶体植入多焦点人工晶体植入带虹膜人工晶体植入等；眼眶肿瘤手术甲状腺相关眼病的治疗羟基磷灰石义眼座植入仿真义眼装配也是省内领先项目近年来还开展了眼科高难度的玻璃体视网膜手术治疗复杂视网膜脱离严重糖尿病视网膜病变球内非磁性异物取出等积累了严重眼外伤的抢救治疗经验绝大多数病人避免了眼球摘除并能恢复有用的视力进行了标准小梁切除复合式小梁切除非穿透性小梁切除术青光眼调节阈植人斜视斜正泪道激光手术羊膜移植治疗眼表疾病建立了眼视光室采用国内外最前沿的检查治疗理念为每一位斜弱视患儿制定个性化综合治疗措施在近视眼防治疑难验光配镜方面积累了丰富的经验对近视加深很快的青少年应用角膜塑形镜限制加深对RGP等硬性角膜接触镜的验配角膜炎干眼病等眼表疾病诊治积累了较多的临床经验眼科还注重科研工作以保证技术领先的地位使科室的后劲增强近几年有多个课题获省科委自然科学基金省教委科研基金和省卫生厅资金资助对后发性白内障的基础研究及治疗的探索有了一定的深度就此系列的研究论文在中华眼科杂志及眼科专业杂志发表数篇

　　协和医院眼科与国内著名的眼科中心建立了密切的协作关系并聘请了著名的眼底病专家北京大学医学部张惠蓉教授；著名眼眶病专家天津大学宋国祥教授；著名青光眼专家广州中山眼科中心叶天才教授等数名专家为眼科客座教授定期前来我院讲学会诊使患者可以足不出户享受国内眼科顶尖技术的专家诊治极大方便了患者同时使医院眼科的技术不断向国内先进水平靠拢

　　协和医院眼科还承担福建医科大学各层次各专业的眼科教学任务

　　现设有准分子激光矫治近视专科白内障超声乳化专科糖尿病视网膜病变专科眼眶病治疗专科斜视弱视近视眼防治视光专科等科室拥有大型先进进口设备：美国科以人公司最新一代准分子激光治疗机具有红外线制导自动跟踪波前像差个体化切削功能使手术治疗近视眼更加准确安全可靠已成功治疗近视眼二万多例居省内领先；美国眼力健公司SOVEREIGN白内障超声乳化治疗仪该仪器前房稳定性好使手术安全性更高；美国博士仑公司MILLENNIUM玻璃体切割机；Zeiss Leica手术显微镜；美国Alis 眼内激光机；YAG激光；美国科以人公司氩离子激光治疗机；泪道激光治疗仪；眼前节照相系统；光学相干断层成相（OCT)日本进口眼底照相机；眼科AB超；Goldmann眼压计；非接触眼压计；角膜地形检查仪；角膜内皮细胞计数仪；同视机；综合验光仪等等