北医三院泌尿外科是北医三院的独立学科，由全国知名泌尿外科专家杨文质教授、高林涛教授负责组建。经过近半个世纪的蓬勃发展，目前，泌尿外科已发展成为在国内有较大影响，集临床、科研、教学一体的综合科室，是北医三院外科系统的主要组成部分之一。科室现有主任医师七人（其中教授五人），副主任医师四人，另外还有一大批基础扎实、年富力强、蓬勃向上的青年医师。
　　早在二十世纪五十年代，杨文质教授就为北医三院泌尿外科的良好发展打下了坚实的基础。自六十年代起，科室就致力于泌尿外科先进领域的临床研究，率先开展难度较大的手术治疗，尤其在根治性切除泌尿系肿瘤、男性不育症诊断治疗方面成绩卓著。八十年代至九十年代，科室在陈忠新主任的带领下不断发展，临床诊疗综合实力迅速提高，可成功完成膀胱全切回（结）肠代膀胱术、巨大肾癌根治术，巨大的腹膜后肿物切除等泌尿外科疑难手术，并积累了大量的临床经验。而且，体外冲击波碎石（EWSL），膀胱镜检查与治疗，经尿道膀胱肿瘤电切术（TUR-BT）、经尿道前列腺电切术（TUR-P）相继开展，经过多年的临床实践，均达到国内领先水平。
2000年以来，以马潞林主任为核心的泌尿外科进入了崭新的发展阶段。各类新技术、新方法、新思路如雨后春笋，蓬勃发展，确立了我科在泌尿外科学界中的重要地位。
　　首先，器官移植成为了学科发展的先导。仅第一年（2001年）肾移植手术就达到118例（包括2例亲属供肾肾移植、2例儿童肾移植、3例胰肾联合移植）。目前，器官移植已经成为我科最为突出的临床特色。2004年一年内，肾移植手术又创历史新高，达到185例，居北京市第一名，手术成功率达到97％的国际先进水平。截止至2005年12月，在马潞林主任的带领下，北医三院泌尿外科已经成功完成肾移植手术700例以上。几年来，科室中已经培养出了一大批从事器官移植的专业人才，可以熟练地独立完成肾移植手术，并精通手术后患者用药管理。此外，2002年至2004年，我科已经成功办了三届（国家级）器官移植学习班，为全国各地输送出了百余名临床器官移植工作者，赢得了广泛的声誉。
　　其次，腹腔镜手术的成功开展掀开了泌尿外科领域的新篇章。我科微创外科技术起步较早，二十世纪九十年代初就熟练掌握了膀胱镜技术。自2002年，马潞林主任首先在科室开辟了泌尿外科腹腔镜手术，为广大患者带来了福音。有许多手术，原来需要切开十多个厘米的伤口，现在只需要用腹腔镜经过2～3个钥匙孔大小的伤口就可以解决，几乎不出现手术并发症，大大减低了手术风险，缩短了住院治疗时间，改善了患者的生活质量。目前，我科不仅可以顺利完成常规腹腔镜手术（如根治性肾癌切除术，根治性肾癌剜除术，肾上腺肿瘤切除术，肾囊肿切除术或去顶术，输尿管切开取石术，后腹膜淋巴结清扫术，精索静脉结扎术等），而且也成功开展了高难度的腹腔镜或后腹腔镜手术（如腹腔镜下前列腺癌根治术，腹腔镜下膀胱全切术、后腹腔镜活体供肾切取，肾输尿管全长切除术及膀胱部分切除术等）。截止至2005年12月，北医三院泌尿外科已经完成各类腹腔镜或后腹腔镜手术500余例，包括肾切除200余例，其中根治性肾癌切除术100余例。尤为可喜的是，2004年7月与2005年4月，北医三院泌尿外科成功举办了（国家级）泌尿外科腹腔镜学习班。2004年7月，北医三院泌尿外科成功举办了（国家级）微创泌尿外科学习班，同年10月，由马潞林主任、黄毅副主任主持编译的《泌尿外科腹腔镜手术图谱》一书出版发行，都标志着北医三院泌尿外科在微创泌尿外科领域已经处于国内领先地位。
　　另外，各种新技术不断涌现，使各类泌尿系疾病的诊治又上一个新台阶。2001年11月，黄毅主任成功进行了国内首例前列腺放射粒子植入术，采用微放射技术治疗前列腺癌，填补了国内此项工作的空白，目前此项工作已有一定规模，每年成功完成数十例，病人来自全国各地，疗效显著。近年来，经尿道输尿管镜、经皮肾镜治疗泌尿系结石及肿瘤也取得了快速的发展，均达到国内一流水平，使泌尿外科手术微创化又向前迈进了一大步。2002年购进德国Wiest尿动力学检测仪，可顺利完成各类疾病的尿动力检查，精确测量各种尿动力学指标，有力指导临床治疗。还有，利用生物合成技术，微创悬吊法治疗女性尿失禁也取得了良好的效果。
　　如北京大学泌尿外科研究所所长那彦群教授所说，“北医三院泌尿外科正在以火箭式的速度飞跃发展”。今天，我科已经跻身于国内一流临床科室行列，下属普通泌尿外科学、微创泌尿外科学、器官移植学、男性生殖医学、泌尿生殖系肿瘤、泌尿系结石等多个专业组，学科覆盖面广，综合实力强。相信在不远的未来，在科室同仁的不懈努力下，我科一定能够继续蓬勃向上，成为具有国际先进水平的泌尿外科临床科室。

体外冲击波碎石（EWSL），膀胱镜检查与治疗，经尿道膀胱肿瘤电切术（TUR-BT）、经尿道前列腺电切术（TUR-P）相继开展，经过多年的临床实践，均达到国内领先水平。

器官移植成为了学科发展的先导。仅第一年（2001年）肾移植手术就达到118例（包括2例亲属供肾肾移植、2例儿童肾移植、3例胰肾联合移植）。目前，器官移植已经成为我科最为突出的临床特色。2004年一年内，肾移植手术又创历史新高，达到185例，居北京市第一名，手术成功率达到97％的国际先进水平。截止至2005年12月，在马潞林主任的带领下，北医三院泌尿外科已经成功完成肾移植手术700例以上。几年来，科室中已经培养出了一大批从事器官移植的专业人才，可以熟练地独立完成肾移植手术，并精通手术后患者用药管理。此外，2002年至2004年，我科已经成功办了三届（国家级）器官移植学习班，为全国各地输送出了百余名临床器官移植工作者，赢得了广泛的声誉。