该院内分泌科学术水平一直处于国内领先地位，史轶蘩教授为中国内分泌领域唯一的工程院院士。内分泌科是国家重点学科。1978年内分泌科成为独立科室。1981年被国家教委评定为博士点。1988年被批准为卫生部内分泌重点实验室。内分泌科现有职工89人，其中教授10名，副教授5名，中级职称员工29名，人才梯队合理。职工中，工程院院士1名，博士生导师4名，硕士生导师4名，研究生导师队伍较为强大。通过临床和科研培养了大批内分泌专业人才。现已毕业的硕士研究生60余名，博士研究生30余名，他们都成为内分泌研究的骨干。该院内分泌科十分重视临床及临床研究工作，在此领域始终处于全国领先的地位。现在东西两院各设内分泌门诊1个，病房3个，病床总数80张。门诊分为上午的普通内分泌门诊和下午的专病门诊，每天约收治病人300多人次。专病门诊包括糖尿病、甲状腺、肾上腺、垂体、代谢性骨病、男性生殖内分泌疾病等6个，直接为临床科研服务。内分泌病房主要收治病情危重和诊断难度较大的病种，功能检查室则开展各种内分泌功能试验，如刺激或抑制试验。2002年成立了北京协和医院垂体疾病诊疗中心、糖尿病中心、肥胖疾病诊治中心，骨代谢疾病诊疗中心等4个医学中心，这些中心在临床、教学和科研工作中也发挥了一定作用。