1989年，中山医科大学中山眼科中心的眼科学被国家教委审核批准为全国眼科学重点学科点。1990年，卫生部批准在中山眼科中心内成立卫生部眼科学实验室。1995年，眼科医院通过三级甲等医院的评选，成为国内首家眼科三级甲等医院。1995年眼科医院被广东省委、省府评为广东省文明单位。1997年，中山医科大学创办的眼科视光学系设在中山眼科中心。1998年，眼科医院被广东省卫生厅评为“百家文明医院”。1999年中山眼科中心被评为“全国卫生系统先进集体”和广东省“白求恩式先进集体”。2001年，经教育部、广东省科技厅和教育厅批准成立了相应的眼科重点实验室;科技部-广东省科技厅共建眼科实验室。2001年中心被评为“广东省行风建设先进集体”。2003年中心被广东省委、省政府授予“广东省先进集体”;2004年，部省共建国家重点实验室培育基地-广东省眼科视觉科学重点实验室通过验收，被评为优秀。2005年，中山眼科中心眼科学实验室正式列入科技部2005年度眼科学国家重点实验室建设计划。2006年，眼科学国家重点实验室正式通过建设论证。