中山医院也获得了党和政府给予的大量荣誉。最近六年获得的主要荣誉包括，1998年获得“全国部门造林绿化400佳单位”称号，医院工会获“全国模范职工之家”三连冠。

　　1999年医院获全国“百佳医院”、“全国创建文明行业先进单位”等称号，中山临床医学院96（1）班获全国先进集体标兵称号。杨秉辉院长获全国优秀院长，心内科葛均波教授获“长江计划特聘教授”、王承培教授获首届全国百佳医师、王玉琦教授获上海市卫生系统精神文明建设优秀组织奖等称号，陈中伟、汤钊猷、陈灏珠三位院士获徐光启科技荣誉奖。

　　2000年医院获得全国卫生系统先进集体、上海市“职业道德十佳单位”等称号。

　　2001年医院获上海市文明医院七连冠；肝研所临床医师组获上海市劳动模范先进集体；心内科葛均波教授获上海市十大杰出青年称号，市卫生系统第八届银蛇奖一等奖。

　　2002年医院获全国科普先进集体、上海市爱国卫生标兵单位、上海市环境保护先进集体称号，王国民教授获上海市育才奖。肝研所吴志全同志获上海市第三届“高尚医德奖”。