衡阳市结核病医院是湘南地区唯一的结核病专科医院，全国结核病科研协作医院、湖南省防痨协会会员单位。其前身为衡阳地区结核病防治院。
1972年由衡阳地区卫生局提议，衡阳地委年底组织成立医院筹备小组，正式筹建衡阳地区结核病防治院，设计病床300张，选址衡南县三塘镇原衡祁公路10公里处，圈地105400平方米，拟建门诊部、医技科各一幢、住院部两幢。次年初，筹备小组进入工地组织建院，于1975年5月2日正式开放门诊对外接诊。1977年7月30日设立综合病床20张，开始收治住院病人，同时组织班子开展结核病流调工作。
1979年2月医院成立防痨组，参加全国首次结核病流调工作及流调点三年观察工作，为衡阳地区的结核病疫情积累了丰富的第一手资料。1980年5月开设住院部，设立结核科住院部2个，开设病床100张，综合科一个，开设病床20张，开始规范收治结核住院病人。1983年地市合并，医院更为今名，随之撤消防痨组，病床总数增至130张，职工人数定编169人。
医院添置了必备的结核病检测设备，拥有一支正规的抗痨队伍，承担了湖南各县及周边地区的结核病防治工作，由当时的年门诊一、二千人次发展到现在年约30000余人次，年业务收入由当年的一、二十万元增加至现在年约800余万元。医院逐步形成了一种相对稳定的抗痨方案。
通过历年的努力，由建院时的20多名职工不断壮大成为现在的185名职工的结核病专科医院。医院设备逐年添置，已具完备的结核病检测设备，成为湘南片结核病诊治的权威医院，三塘片综合病人的骨干医院。
历届院长励精图治，在医院的软、硬件建设上不断更新。医院历任院长为李士敏、王俊波、罗月林、李琼、管天荣、张社会、张永富，现任院长刘志伟。
目前医院设立办公室、医务科、护理部、财务科、总务科、保卫科、院感科、网络办、医保办等9个行政管理科室及党支部、工会、团委等党群机构，设立门诊部、结核一、二、三科、综合科等5个临床科室，开设病床200张，设立放射科、检验科、药剂科、供应室等5个医技科室。现有在职职工163人，中共党员36人，其中医务人员118人（高、中级职称89人）、管理人员16人、工勤人员29人。
2001年3月，医院率先在全市卫生系统开展竞聘上岗，班子成员意气风发，大胆改革，医院环境和职工面貌焕然一新，年门诊量、住院人次、业务收入分别比上年增加了21.6%、19.8%、30.3%，被评为市直目标管理先进单位、衡阳市消费者满意服务单位，被定为衡阳市医疗保险定点医院、中保人寿定点医院。