奇台县中医院的发展几经变迁，解放初期，由县城的几家药店成立了公私合营中西医药店，在文革期间进行社会主义医疗制度改革，于1970年7月与西北湾公社卫生院合并，文革后期(1975年)又恢复为奇台镇医院， 1986年成立了奇台县中医医院。 
        奇台县中医医院经过20余年的发展已具有相当规模，从占地面积100多平方米的几间土平房发展到今天全院总占地面积4800多平方米和二栋总建筑面积达7000平方米的楼房；职工人数由20年前的二十几人增加到现在的115人；医疗器械从20年前的听诊器、血压计和干针、艾条发展到今天由电脑控制的全自动生化分析仪、全自动血流变分析仪、全自动血球分析仪、心脏起搏除颤仪、500毫安电视系统X光机、心腹多功能彩色B超机、心电图等先进的医疗设备，是一所集预防、保健、康复及教学科研为一体的地域性中医医院，医院开设有内科、儿科、外科、口腔科、妇科、皮肤科、预防保健科和心脑血管、糖尿病专科及化验室、B超室、心电图室、X光室等辅助科室。近年来，医院以中医特色为办院方针，努力把医院办成“院有重点、科有特色、人有专长”的等级医院,在不断提高职工整体素质、医疗质量、技术水平的同时，坚持“以病人为中心、以满意为目标”的服务宗旨，再结合本院实际情况和患者的需求，不断开拓创新，引进了区内外先进的诊疗技术和医疗设备，并在原有科室的基础上又开设了具有中医特色的针灸推拿科和肛肠科，利用中西医结合的方法，从多方位患者提供了就诊机会，医院始终坚持以较低的费用的为患者提供质量较高的医疗服务为办院宗旨，特别是2006年医院门诊人次达到了9万多人，出院人次2000人，并取得了良好的社会效益，深受各族群众好评。
        近年来，奇台县中医院始终坚持全心全意为人民服务的宗旨，以质量求生存，以改革求发展，突出中医专病专科特色，坚持走科技兴院、科技强院的发展之路。把造就和培养一批德、才兼备跨世纪医疗骨干作为重点工程来抓，塑造优质文明的医院形象。为使医院走向良性发展的道路特向社会公开承诺：不收受红包、不接受病人吃请、不推诿病人；合理检查、合理用药、合理收费。
        医院今后五年的总体发展目标：5年内基本建成规模适度、功能完善、在昌吉州东部地区规模最大、技术最高、设备最好的二级甲等中医医院。