北京大学神经科学研究所的前身是北京医科大学神经科学研究所。北京医学院1965年接受卫生部的任务，开展针刺原理研究。在此基础上于1987年成立北京医科大学神经科学研究中心，1994年成立卫生部神经科学重点实验室， 1998年成立神经科学研究所。2000年4月北京医科大学与北京大学合并成立新的北京大学，该所也相应改名为北京大学神经科学研究所。2001年被批准成立教育部神经科学重点实验室。

科研成绩：

1.获奖：(1)国家自然科学奖2次：1987年获三等奖“针刺镇痛的神经化学机制”;1999年获二等奖“抗阿片肽CCK作用机制的研究”。(2)国家科技进步奖1次(1999年三等奖：《神经科学纲要》)。(3)部委科技进步奖21次，其中一等奖6次。多年来，该所论文被SCI引用次数占全北医大论文被引用次数的40%左右(35-44%)。本所(系)建立至今已在国内外发表原著论文400余篇，1998年以来五年间共发表研究论文120篇，其中国外英文SCI刊物收录32篇，刊物最高影响因子16.5。

2.著作：主编《神经科学纲要》(教育部指定研究生用教材)，该书第二版已改名为《神经科学原理》，200万字，分上下两册出版(1999)。《针刺镇痛的神经化学原理》第1卷(1987)、第二卷 (1998) 共收集该所论文200余篇。《针刺镇痛原理》(1999)简述30余年研究之全貌。主编《生理科学进展》和《中国疼痛医学杂志》，后者的发行量已超过9000份。

3.应用性研究：在阐明针刺镇痛原理基础上，设计制造了“韩氏穴位神经刺激仪”(HANS)，被称为“无针的电针仪”。不仅可以代替扎针治疗疼痛等，并可用于治疗海洛因成瘾，减轻戒断症状，防止复吸。