医院最具特色的科室是窥镜外科该院窥镜外科起步较早1982年广医一院医师吴开俊教授受中央教育部委托以访问学者身份到美国匹兹堡大学医学院进修泌尿外科并致力于窥镜外科的研究从而有机会接触这项新技术吴开俊回国后大力推行此项新的治疗技术并进行了一系列的研究与开发1984年10月受卫生部委托在吴开俊院长主持下举办了第一次全国腔内泌尿外科学习班来自全国各大医院的专科医生一百多人参加了学习班从1984年起该院泌尿外科行输尿管镜术6000多例经皮肾镜术1000多例其手术例数治疗复杂疑难症的成功率之高合并症之少均处于国内领先地位

　　目前窥镜技术在该院已广泛应用于泌尿外科普通外科胸外科妇产科等专业应用腔内输尿管镜摘取尿路结石经皮肾镜穿刺摘取肾结石经皮肾微造瘘取石术腹腔镜胆囊手术胸腔镜肺部手术窥镜手术治疗前列腺增生胃穿孔阑尾疝气等的临床应用与研究方面处于国内领先水平2001年初该院又率先在全国建成了楼高16层建筑面积达2万多平方米的“微创外科中心”全面收治病人胸外科开展的“电视胸腔镜手术的临床应用研究”享誉省内外获广东省科技进步二等奖1999年3月该科在国内施行了第一例同种异体气管移植术获得成功填补了国内该项目的空白