心血管外科是深圳市孙逸仙心血管医院重要临床科室之一，也是教学、科研的主要承担科室。

　　目前心血管外科已经开展各种心脏及主动脉手术2500例，手术成功率在97%，总死亡率＜3%（达到先进水平）。所开展的临床业务几乎涉及到所有国际和国内常规开展的工作范围。从病种方面涉及到风湿性心脏病、先天性心脏病 、冠心病、主动脉疾病、心肌病以及心律失常等几乎所有心脏疾病的外科治疗；从年龄划分包括对新生儿（最小的病人为出生39小时龄）、婴幼儿、学龄前儿童、青少年、成人、老年人（年龄＞60岁，最大的病人96岁高龄）的外科治疗。
   
　　 根据工作的业绩1995年心血管外科被广东省卫生厅指定为〈广东省婴幼儿心脏外科重点专科〉；2001年被深圳市卫生局指定为〈深圳市冠心病外科重点专科〉。

　　手术室设计按照国际标准为全封闭中央空调、空气净化的手术室，使得手术病人的感染发生率降到极低。手术室内还配置了大量进口先进设备，其中包括德国西门子公司生产的高级麻醉机，多导监护仪；马克公司生产的无影灯和手术床；德国施托克体外循环机；美国生产的血液回收机，高频电刀以及成套进口高级精密手术器械等。

　　手术后重症监护室（ICU）实行24小时专人监护措施，能够有效地提高手术后生存率和降低合并症发生率。设有8张监护病床。每张床配置1台丹麦阿替马多导监护仪、1台900-C呼吸机。在治疗过程中大量常规采用输液泵和微量输液泵、临时起搏器保证了病人治疗的平稳。另外还有主动脉内球囊反搏泵应用于支持血流动力学。

        根据工作的业绩1995年心血管外科被广东省卫生厅指定为〈广东省婴幼儿心脏外科重点专科〉；2001年被深圳市卫生局指定为〈深圳市冠心病外科重点专科〉。