首都医科大学附属北京朝阳医院基础医学研究中心成立于1994年，已成长为国内有一定知名度的以应用基础研究为主，面向临床开展高新技术检测，尤其是基因诊断为特色的科研、医技和教学实体。参加、承担国家863课题、国家自然科学基金、北京市自然科学基金、北京市科委及卫生局等多个科研项目，发表论文百余篇，培养博士生、硕士生数十名，共获得9项市、局级科技奖励。 基础医学研究中心以分子生物学、基因工程学为特色，结合临床，进行各种病理、生理的研究和实验检测，为我院各科室提供科研技术平台，是博士生、硕士生培养基地，培养了很多临床-基础研究相结合的、适应国际医学发展趋势的高水平人才。在学科带头人、博士生导师刘敬忠教授领导下，在基因诊断和基因治疗方面有了突飞猛进的发展。 基因工程乳酸菌治疗苯丙酮尿症的研究是本中心具有自主知识产权的创新性项目。已取得专利两项。曾获北京市自然科学基金、国家自然科学基金资助，现获北京市科委重点项目资助，项目仍在进行中。 作为北京市自然科学基金资助的北京基因诊断基础性研究实验室遗传病分部，以及北京市卫生局认可的有资质进行遗传病分子诊断的单位，进行了多种遗传病的基因诊断、携带者检出及产前诊断。包括：甲型血友病、乙型血友病、α—地中海贫血、β—地中海贫血、慢性家族性舞蹈病等。成功地研究开发了血友病甲和α—地中海贫血基因诊断试剂盒，并与北京妇产医院、北京大学第三医院等北京市批准的出生缺陷产前诊断中心合作开展产前基因诊断。目前全国有多家单位试用，效果良好。为提高人口素质、优生优育作出了贡献。 采用荧光定量PCR方法进行感染性疾病病原体基因诊断，并于2004年6月通过卫生部临床检验中心验收，获得颁发的“临床基因扩增检验实验室技术验收合格证书”。目前检测项目包括：乙型肝炎病毒HBV-DNA、丙型肝炎病毒HCV-RNA、结核杆菌TB-DNA、沙眼衣原体CT-DNA、淋球菌NG-DNA、人乳头瘤病毒HPV-DNA、巨细胞病毒CMV-DNA等。2005年作为人禽流感网络实验室成员单位，采用国家流感中心推荐的RT-PCR方法进行人禽流感病毒的初筛检测。 2003年5月经北京市司法局正式批准，成立了北京朝阳医院法医物证司法鉴定所，开展亲子鉴定及有关法医物证鉴定工作。本中心还开展染色体核型分析、唐氏综合征产前筛查、新生儿溶血产前预测、TORCH五项（致畸病原体筛查：风疹病毒IgM、巨细胞病毒IgM、单纯疱疹病毒IgM1,2、弓形虫IgM）等优生优育类项目。 2001年本中心通过了北京市卫生局HIV抗体筛查实验室资格认定。承担全院患者的HIV抗体筛查任务。还参加了“中美艾滋病防治合作项目”HIV哨点监测工作。 总之，分子诊断项目已成为朝阳医院一大专业特色，以高新技术手段为全市、全国患者服务。