儿科是医院重点学科。单独创建于1991年，学科主攻专业技术方向明确，学科技术设备先进，人才梯队合理，有一支良好的合作、敢于创新的学术团队。目前学科拥有床位80多张，其中新生儿30张。高级职称人员11人(其中正高级3人)、博士研究生1人、硕士研究生3人。

学科分为两大科室：儿内科及新生儿科。下设有：小儿呼吸内科、小儿消化内科、新生儿重症监护、儿童重症监护、早产儿室、母婴同室病房，并设有小儿门诊、急诊、儿童心理咨询、智力测试门诊、内分泌、哮喘及新生儿等专科门诊。并拥有高档进口仪器设备，如：小儿呼吸机、无创呼吸机、CPAP、多参数中心监护系统、远红外辐射抢救台、早产儿培养箱、新生儿转运系统、细菌、病毒血清学检测仪、微量元素检测、血气分析等，并正筹建围产医学中心、儿童体检中心、专门成立小儿内窥镜室，开展小儿支气管镜、小儿胃镜等检查。

学科于2001年成为台州市儿科医学重点学科后，相继成为温州医学院重点扶持学科，与浙江大学医学院附属儿童医院建立了台州市儿童诊疗中心，并与温州医学院合作、经浙江省卫生厅批准为省儿科医学重点学科(呼吸专科)的共建单位。成立了第一家儿科研究所及基础医学研究实验室。是温州医学院儿科硕士生的培养点。具有较系统的医、教、研能力，除了负责本市及邻县、市常见儿科疾病的诊治外，还担负着台州南区儿科疑难、危重病的抢救与会诊，并承担着温州医学院、宁波大学医学院、浙江中医学院等大学本科的临床实习带教工作，及其他大专院校的毕业实习带教工作。

学科整体水平处于台州市领先地位，承担了二次省级儿科学继续医学教育项目，并承担了多项省厅级、地市级科研及科技攻关项目，其中获省级科技成果奖二项、台州市科技成果奖三项。借助本院与中国军事科学院建立研究中心的实验条件，已开展了小儿呼吸道病原学的分子生物学的研究以及小儿有关疾病的基因研究。