北京市肿瘤防治研究所暨北京肿瘤医院建所（院）近30年来在乳腺癌人群普查、原发性乳腺癌治疗方面积累了丰富的经验。累计完成了20余万人次的乳腺癌人群普查，收治原发性乳腺癌病例6000余例，（2003年度收治的原发性乳腺癌病例占北京市各医院收治例数的16%，位居第二位），临床Ⅰ、Ⅱ期乳腺癌的五年生存率分别为94%、83%，十年生存率分别为87%、67%，与国际同期水平持平。乳腺外科目前已经完成保留乳腺治疗300余例，2004年度在乳腺外科治疗的乳腺癌病例中，约40%完成了保留乳腺治疗，保乳率为国内最高，局部复发率为0.3%年，明显低于国际平均水平。
为了强化乳腺癌单病种治疗的专业化，在北京市重点学科专项资助下，北京肿瘤医院于1998年组建乳腺疾病防治中心。2004年经过结构调整，更名为乳腺癌预防治疗中心，由乳腺癌预防早诊门诊（原防癌普查科）、乳腺临床实验室病房（原外科五病房）和临床实验室三部分组成。乳腺癌预防治疗中心的任务是：依据循证医学原则，应用国际上相关领域内最新研究成果，采用新的观念、方法和技术手段为来院就医者提供一流的规范化、专业化服务，保障乳腺癌的总体治疗效果。
乳腺癌预防早诊门诊提供乳腺癌高危人群的筛查、高危人群乳腺癌预防与定期检查、乳腺癌早期诊断方面的医疗服务。大量相关研究结果证实，应用可靠方法进行乳腺癌人群普查可以使乳腺癌年死亡风险下降40%左右，药物预防可以使乳腺癌高危人群的发病率下降50%左右。
乳腺病房主要收治原发性乳腺癌患者，提供乳腺癌的外科治疗和系统性辅助治疗，术前辅助性治疗和保留乳房治疗是其特色，在国内处于领先水平。在中心已经收治的全部1300例原发性乳腺病例中，保留乳房治疗占23%（2004年达40%）；术前系统性辅助治疗已经完成500余例，病理完全缓解率15%（个别治疗方案达31%），术前辅助性治疗的应用使辅助性化疗与内分泌治疗更具有针对性。前哨淋巴结活检在完成前期研究的基础上已经进入临床，用于判断区域淋巴结转移情况，指导治疗方案的制定。
临床试验室的主要工作是采用分子生物学方法进行有关乳腺癌患病风险、复发转移风险、治疗效果预测等方面的应用研究，同时为乳腺癌规范化个体化治疗提供技术支持。