病理科成立于1962年2月, 是全国较早成立儿科病理专业单位之一。多年来经过不断发展，现已成为具有较强人员配备、设备先进、技术全面、规模较完善的现代化病理专业实验室。现有组织切片制作室、免疫组织化学实验室、临床细胞病理室、免疫荧光检查室、病理资料档案室等，能为医院各专业科室（包括内科、外科、五官科、皮肤科、中医科、妇科、产科等）的患者提供优质病理检查服务。
目前科室拥有多台蔡司 (ZEISS)、奥林巴斯 (OLYMPUS)显微镜、Microm切片机、IEC冰冻切片机等。科室还具有现代化的计算机管理系统及系列先进的数码工作站。
　
　　近年来为了适应中心发展的要求，病理科选派多人赴中科院北京肿瘤医院和上海第一妇婴医院、上海儿童医疗中心、上海新华医院等国内知名医疗机构学习进修。同时，病理科现有博士一名，硕士两名，专业技术人员都为本科以上学历,为病理科的进一步发展提供了良好的基础。在实验手段方面，除经典的病理形态分析外，还具备免疫组织化学、液基薄层技术（运用Bethesda报告系统）及分子病理学的方法。目前科室正在准备将原位杂交技术运用于临床。对于在手术台上的手术患者如遇需要（例如：良恶性肿瘤的判定等），可以在45分钟内做好冰冻切片并发出病理诊断报告，以便确定手术方案。

　　在有关先天性巨结肠的病理学研究方面取得“接近国际先进水平”和“国内领先水平”科研成果多项。学科带头人鲁建生主任是中华医学会全国儿科病理学组学术活动最早参与者之一，1992年任委员并继任副主任委员至今，另任中华医学会武汉病理学分会委员。

蔡司 (ZEISS)、奥林巴斯 (OLYMPUS)显微镜、Microm切片机、IEC冰冻切片机