1951年成立消化疾病内科组，于1985年建立消化内科。先后聘任巫协宁、王国良、黄自平、王兴鹏等教授担任本科主任。目前在职的正高职称2位，王兴鹏教授和郑萍教授，副高职称5位，范建高副教授、靖大道副教授、汪佩文副教授、徐敏副教授、吴凯副教授。中级职称有8位，初级职称7位。具有博士学位的4个，在读博士2个，硕士学位7个，本科学位6个。是上海交通大学硕士、博士和博士后培养单位。

　　消化科附属结构有：胰腺疾病俱乐部、脂肪肝疾病诊治中心、消化疾病研究室、内镜中心。每年消化科门诊量约120,000余例。每年收治约1,000例患者住院。胃镜和结肠镜的检查和治疗每年约13,000余例。

　　学术方面：协助主办全国消化病学会胰腺疾病大会。发表SCI论文40余篇，每年发表论文50余篇。王兴鹏教授担任中华消化病学会胰腺疾病专业学组副组长、美国胰腺病学会刊物《pancreas》杂志国际编委、《胰腺病学杂志》副总编、《中华消化杂志》常务编委、《世纪华人消化杂志》编委等。范建高副教授担任《中华肝脏杂志》等编委。负责起草《中国急性胰腺炎诊治指南》、《全国脂肪肝的诊治指南》等工作。承办国家级继续教育项目开展多种学习班。主编出版书籍8本。

　　医疗特色：胰腺疾病为常见的消化疾病,且重症急性胰腺炎的死亡率较高，包括妊娠合并急性重症胰腺炎，提出“保护肠道屏障功能角度控制重症急性胰腺炎感染”这一治疗新观念，使患者得到及时的治疗。由于人们饮食和生活习惯的改变，肥胖和饮酒等导致脂肪肝的发病日益增多，该科室开展其流行病学和治疗的研究工作，对其发病进行系统研究。此外，科室还开展了幽门螺杆菌相关的胃炎、胃癌和炎症性肠病的临床和科研工作。此外，内镜的诊断和治疗工作，内镜下进行曲张食管静脉的硬化剂注射和皮圈套扎术，内镜下食管狭窄扩张术、消化道息肉套扎切除术、激光治疗以及内镜下止血等。