近年来，医院先后承担国家科研项目10项(2007年获“十一五”国家科技支撑计划项目经费430万元)、协作项目25项、卫生部课题15项、自治区级科研项目25项、卫生厅级46项。荣获国际奖4项、中华医学科技奖1项、国家科技奖2项、卫生部科技进步奖2项、自治区级科技进步奖50项、新疆医学科技奖4项、自治区科技成果81项、卫生厅科技进步奖33项、市级科技进步奖1项。编写专著近100本，发表省级以上论文4000余篇。

医院拥有一批在医药卫生领域经验丰富、学术水平突出的知名专家、教授和学科带头人，其中荣获国家人事部有突出贡献中青年专家1人，自治区有突出贡献优秀专家6人，享受国务院特殊津贴专家13人，在中华医学会新疆分会担任主任委员、副主任委员17人。为加速全疆医学专业人才培养的步伐，多年来医院还承担着新疆医科大学、石河子大学医学院的临床教学任务，是两所大学的教学医院和新疆医科大学临床医学院。成立了16个临床医学教研室，有博士生导师、硕士生导师39名，是自治区医学高等院校的教学基地之一。2006年，在教育部本科教学工作水平评估活动中，医院荣获了“新疆医科大学本科教学工作水平评估先进集体一等奖”。