南京总医院全军普通外科研究所原为全军腹部外科医学专科中心，组建于1979年4月，初为专科中心，1995年5月经总后勤部卫生部批准晋升为全军普通外科研究所。是南京大学博士研究生授权学科，为第一、第二军医大学博士研究生联合招生点，博士后科研工作流动站。是国家卫生部临床药理基地（营养支持专业），全军胃肠外科重点实验室。2000年被总后勤部评为全军首批十个“重中之重”学科之一，2001年被评为江苏省重点学科，2002年评为国家重点学科。学科带头人为著名普通外科专家黎介寿院士。

　　学科现有医师30人，其中院士1人，主任医师、教授6人，副主任医师、副教授15人，具有博士学位18人。

　　研究所坚持以临床需要为研究方向，在肠外瘘的治疗、危重病人的营养支持、同种异体人小肠移植、胃肠肿瘤的总体化疗、门静脉高压症的治疗等方向进行了系列化的研究。现展开床位204张，设有肠外瘘、胃肠外科、肝胆外科、肠移植、胃肠肿瘤、颈胸外科、重症监护、临床营养支持等专业组，还设有实验室和资料室。年均收容患者4500余人；各种手术2200余台；年肠外营养7500余人次、肠内营养14000人次；完成各项实验室检测5700余次。经济收入超过六千万。