马应龙肛肠医院大肠内科设有专科门诊，实行首诊负责制，形成了一体化管理、系统化治疗、规范化服务的诊疗体系。内科设有床位25张。

主要诊治病种：溃疡性结肠炎、缺血性结肠炎、过敏性结肠炎，放射性结肠炎、肠易激综合症、直肠孤立性溃疡及慢性结肠炎合并大肠息肉、大肠术后粘连症、结肠运动迟缓症、功能性便秘等。

主要治疗特点：采用辨证分型，专方专用，单方验方，分阶段治疗等。如采用健脾益气补肾中药调整免疫功能，从根本上消除疾病的内在因素;以活血化淤药改善或消除黏膜及粘膜下层血管扩张、充血、水肿，增加血管通透性，有利于炎症减轻或消退;选用清热解毒中药消除肠粘膜炎症，排除脓液;选用收敛涩肠药，有利于粘膜溃疡愈合及修复;选用活血化瘀中药治疗肠粘连。

药物应用方法：以药物内服法、中药保留灌肠内服中药配合保留灌肠法、中西药联用法、局部中药治疗法、结肠途径治疗机给药法、或配合针灸、艾灸、理疗等治疗方法。综合上述诸多疗法，能达到辨病与辨证相结合，局部与整体相结合，全方位地为患者解除病痛。