消化专业设有专业病房及专业门诊，拥有床位 40张。有自己的电子胃镜室、24小时PH监测室，从1998年起还与本院外科合作成功开展了结肠镜检查项目，能够进行包括婴幼儿在内的电子胃镜、结肠镜以及胃肠动力检查。不但擅长诊治儿科常见的消化系统疾病如腹泻病、胃炎、胃食管返流病、消化性溃疡病、婴儿肝炎综合征等，而且对少见病如小儿溃疡性结肠炎、克罗恩病、急慢性胰腺炎、肠系膜上动脉综合征、慢性假性肠梗阻等和疑难病症如难治性腹泻病、长期反复呕吐、腹痛、便血等疾病的诊治以及对急重症如中毒型痢疾、消化道大出血、急性出血坏死性小肠炎、重度脱水等的抢救和处理亦具有相当的水平。每年收治专业系统疾病600~700人次。在全国小儿消化方面处于前列。 专业组现有主任医师 3 名、副主任医师 4 名、主治医师 2 名、住院医师 2 名，所有医师均具有大学本科学历，其中研究生及在读研究生共 4 人。学术带头人徐樨巍副主任医师硕士毕业，在临床一线工作已近 20 年，现为中华医学会小儿分会消化学组学术委员及北京小儿消化学术组专家组成员。和 CDC 病毒所以及我院细菌室合作承担课题二项。儿童医院消化专业全体医师愿意以自己丰富的临床经验、雄厚的技术力量、先进的检查技术手段竭诚为全国各地的患儿服务。