北京儿童医院心脏外科已建立二十五年。在现任院长、北京儿童医院心脏外科创始人李仲智教授的领导下，经过多年的不懈努力，使这个科室的学术水平在国内婴幼儿心脏外科领域处于领先地位。1999年经北京市卫生局批准，北京市小儿先天性心脏病治疗中心在北京儿童医院正式成立，作为心脏中心的一部分，先天性心脏病治疗中心包括先天性心脏病的确外科手术治疗和经导管介入性治疗两部分，先后已完成各种心脏手术数千例，存活率达98%以上，最小年龄3天，体重3800克。特别是对小婴儿大型室间隔缺损、法乐氏四联症等危重病儿的手术及术后监护更有独到之处，使得大量的先心病患儿因得到及时治疗而保全了性命。近年，重点攻关新生儿及小婴儿复杂先天性心脏病，其中1例生后8天的肺动脉闭锁患儿，在体外循环下心内直视矫治术获得成功，为国内首创，手术病人中复杂畸形及危重病例占70%，包括大量左向右分流型先心病继发重度肺动脉高压、合并肺炎心衰的病儿以及完全性大动脉转位、完全性肺静脉异位引流、完全性房室通道及右心室双出口等复杂病症。另外，心脏外科帮助长春市儿童医院、济南部队医院、天津儿童医院、大连儿童医院及石家庄市儿童医院心脏外科开展了婴幼儿先心病的手术治疗工作，得到了当地医院的好评。现每年心脏外科手术数百例，其中2岁以下婴儿占70%，1岁以下占50%。
　　目前，心外科有正教授（正主任医师）一名，副主任医师五名，住院医师三名，在读博士及硕士研究生各两名。近年发表论文数十篇，获得科研成果奖一项，培养硕士研究生7名，博士研究生2名，并开展了大量国际间的学术交往，先后有数名心脏外科医师及护士赴美、日、德、意、俄等国家参观或进修学习，并邀请多名国外专家来院进行学术讲座及手术。成功举办全国小儿先天性心脏病诊断和治疗进展学习班，并申办到第5届THIC国际小儿心脏病学术研讨会的举办权，现正在积极筹备。