我院心胸外科成立于1978年，由著名小儿心胸外科专家陈文龙教授担任主任。历经二十余载的不断发展，现已成为我院有一定实力的特色专科。现有教授1名，副教授2名，主治医师2名，住院医师1名。床位20张。全年收治心胸外科患儿350余例。能开展各类小儿普胸及绝大多数类型的先心病手术。
    先天性心脏病：1990年开始开展体外循环心内直视手术。现每年开展各类先心病手术150余例。最低体重3公斤。10公斤以下患儿占40%以上。手术死亡低于3%。达到国内先进水平。
    先天性漏斗胸：重庆地区占主导地位，年手术50例左右。手术年龄全国最小。独创有机玻璃胸骨悬吊术治疗小儿漏斗胸取得了良好的效果。该术式大大减轻了手术创伤，缩短了住院时间，康复快，疗效令人满意。
    先天性食管闭锁：2001年12月开始开展先天性食管闭锁的外科治疗。连续7例无手术死亡。（因观念问题，很多家长放弃了治疗，还应当大力宣传，改变观念。）
    食管化学腐蚀伤：在治疗食管化学腐蚀伤方面积累了成套经验。食管腔内药物注射治疗食管疤痕狭窄为国内独家。取得了良好效果。
    气管支气管异物：采用德国进口STORZ支气管镜，异物取尽率100%。近5年来无一例死亡，无一例气管切开。年取异物100余例，已成本地区实际上的小儿气管异物诊治中心。
    本专业组在诊断治疗其他小儿心胸外科疾病方面也有较为丰富的经验。如先天性隔肌发育缺陷（食管裂孔疝、隔疝、隔膨升）、胸腔肿瘤、纵膈肿瘤、心包炎、脓胸、鸡胸、颈静脉扩张症、胸壁其他畸形等。