药剂科作为医院重要的医技部门之一，担负着为全院提供安全有效、质量可靠的药品，同时也以病人为中心负责提供全方位的药学服务。根据功能的划分，药剂科设置有住院调剂室、门诊调剂室、便民药房、药品供应室、普通制剂室、药品检验室、临床药学室。

药剂科现有工作人员35人，其中副主任药师2人，主管药师13人，药师8人，药剂士11人，高级技工1人。经过多年的继续教育学习，获得硕士学位的有1人，在职研究生1人，本科生8人，大专生11人，通过国家执业药师考试的有16人。

药剂科历来重视药品管理法，不仅认真执行药品管理的有关法律、法规，而且严把进药关。2000年初药剂科通过重庆市卫生局检查，获得“放心药房”称号；同时在重庆最早推出药品清单制，做到让患者明明白白消费。2000年12月，制剂室一次性通过重庆市药品监督管理局组织的制剂验证达标检查，获得制剂生产许可证，为满足临床需要，共配制制剂54个品种，其中有深受患儿及家长好评的“磺棕合剂”。药剂科积极开展临床药学工作，现开展7种药物血浓度检测（地高辛、卡马西平、丙戊酸、氯硝基安定、苯巴比妥、苯妥英、甲氨蝶呤），为临床控制用药风险、提高药物疗效提供科学依据。药剂科先后编辑有《重医儿童医院药物手册》、《我院常见药物不良反应及注意事项手册》以及每季度的《药讯》，为临床提供广泛的药学信息。

药剂科现有《儿科药学杂志》编委3人，《中国药房杂志》编委1人；近年共发表文章48篇，参加学术会文章57篇。作为重庆市药剂学校和重庆医科大学药学系的实习基地，先后指导药学本可、大专、中专实习生共94名。